El respaldo a Múnera provino de cinco consejeros, mientras que otros, incluidos Ignacio Mantilla, Diego Torres y Verónica Botero, abandonaron la sesión en protesta. Esta elección ha generado acusaciones de que el Gobierno del presidente Gustavo Petro ha intervenido en la autonomía universitaria para imponer su candidato.
Tras la designación de Múnera, Diego Torres, representante de los maestros en el Consejo Superior, instó a la Procuraduría General de la Nación, al Consejo de Estado y a la Fiscalía General de la Nación a tomar medidas legales para proteger la autonomía de la Universidad Nacional.
La elección de Múnera como rector ha desencadenado un debate sobre la autonomía universitaria y la intervención del gobierno en los asuntos académicos, con algunos críticos argumentando que esta decisión socava la independencia de la institución educativa.
